其实集装箱进水的原因取决于天气状况、海运航程的长短、货物包装材料、集装箱状况以及货物的敏感度等，各种方面的因素都有可能导致集装箱进水，造成货物损坏，具体原因如下：

货物自带

湿气或水分随货物一起被带入集装箱。举个例来说，如果一个集装箱内装了1吨的木质器材，其本身含有大概8%到25%的湿度，相当于大约400-1250升的水。这里边的湿气在经历温差变化，遇热汽化、遇冷液化，后落在货物的表面，造成湿损。

箱体凝结

这种情况一般是由于温差较大而产生的。在集装箱远洋运输或存储过程中，货柜往往会经历高温气候及较强的昼夜温差变化，温度变化会在0-8摄氏度，湿度会高达98%，形成凝露现象，使得集装箱有水。比如说，当温度为30度时，空气中水含量为30.4g每平方米。当温度由30摄氏度降低到18摄氏度，水蒸气就会凝结成水滴，若是40英尺货柜则产生1000克的冷凝水，就会造成“集装箱雨”。

海水入侵

一般进水的其中一种原因就是海水入侵。由于集装箱常年在海上，如果遇到大风大浪，如果恰好箱体有小损伤，如果又在甲板上，或者遭遇海上事故，落入海里，这种情况下是很容易让海水进入集装箱内的。

淡水入侵

很多人看到这很疑惑了，淡水是怎么入侵的？其实关于淡水入侵，通常的情况是集装箱或者一些其他的地方有一些小破损，在下雨雪的时候或者船舶淡水管道破裂等都会导致进水，这个时候也就造成了淡水入侵集装箱。